1、減少有毒發酵產物及有害細菌酶的產生
人體體內和活體外糞便培養試驗表明，攝入3周內，機體內即可減少44.6%有毒發酵產物和40.9%的有害細菌酶的產生。
2、抑制病原菌和腹瀉
低聚木糖對病原菌有較強的吸附力，如大腸桿菌、腸炎門氏菌、嗜水氣單胞菌等都能吸附到低聚木糖上，由于低聚木糖不被腸道中的消化酶所降解，可攜帶附著的病原菌通過腸道排出體外，從而防止疾病在腸道中集群，達到防止腹瀉的目的。
3、防止便秘
雙歧桿菌利用低聚木糖，產生大量的短鏈脂肪酸；能刺激腸道蠕動，增加糞便濕潤度，并保持一定的滲透壓，從而防止便秘發生。
4、保護肝臟功能
攝入低聚木糖，可減少有毒代謝產物形成，大大減少了肝臟分解毒素的負擔。
5、降低血清膽固醇
攝入低聚木糖，持續2周至3個月，總血清膽固醇可降低20—50dl。還可提高女性血清中多密度脂蛋白膽固醇占總膽固醇的比率。
6、降低血壓
研究表明，46個高血脂患者攝入低聚木糖持續5周后，其心臟舒張壓平均下降了799.8Pa（6mmHg）。結果顯示，人的心臟舒張壓的高低與其糞便中雙歧桿菌占總菌數的比率呈明顯的負相關關系。
7、能增強機體免疫力，抗癌。
經大量試驗結果表明，雙歧桿菌在腸道內大量繁殖能夠起到抗癌作用。這種抗癌作用歸功于雙歧桿菌的細胞、細胞壁成分和胞外分泌物，使機體免疫力提高。
8、具有良好的配伍性
研究表明，日常飲食中攝取少量的低聚木糖，便能體現出保健效果，當低聚木糖與鈣同時攝入時，它不但不會影響機體對鈣的吸收，反而能起促進作用，試驗結果表明，任意攝取2%低聚木糖水溶液，7日后機體對Ca的保留率提高了21%。
9、能促使機體生成多種營養物質，包括維生素B1、B2、B6、B12、煙酸和葉酸。
10、預防和保護牙齒齲變，抑制口腔病菌的滋生。
齲齒是由于口腔微生物特別是鏈球菌侵蝕而引起的，低聚木糖不是這些口腔微生物的合適作用底物，因此不會引起牙齒齲變，從而抑制口腔病菌的生長。
